엠플리콘 시퀀싱은 특정 길이의 PCR 생성물 또는 캡처된 조각을 시퀀싱하는 것이며, 현재는 주로 특정 환경에서 특정 유전 물질을 시퀀싱하기 위해 고처리량 시퀀싱 기술을 사용합니다. 대부분의 자연 미생물은 전통적인 분리 배양 방법으로 분리 및 클론화할 수 없으며, 이는 자연 미생물의 정성 및 정량, 미생물 다양성 탐구에 심각한 도전을 줍니다. 엠플리콘 시퀀싱은 전통적인 분리 배양의 약점을 극복하여 샘플의 미생물을 정성 및 정량화할 수 있으며, 현재 미생물 다양성 검출에 널리 사용되고 있습니다.
16S와 18S rDNA는 박테리아 및 진균에서 16s 또는 18s rDNA 유전자의 고변이 영역이고, ITS(내부 전사 스페이서)는 박테리아, 진균 및 고세균에서 소단위 및 대단위 rRNA 유전자 사이의 간격 DNA입니다. 이러한 특정 유전 물질에는 진화 보존성 및 진화 가변 영역이 포함됩니다. PCR 증폭이 용이하여 소량의 DNA에서 증폭할 수 있으며, 유전자 서열은 근연종 간에도 고도의 변이가 있어 엠플리콘 시퀀싱은 분류학 및 분자계통학에서 널리 사용됩니다.
연구 목적에 따라 엠플리콘 시퀀싱은 다음과 같은 여러 제품 유형으로 세분화할 수 있습니다. 16S rDNA 시퀀싱:16S rDNA는 16S rRNA를 코딩하는 유전자이며, 모든 박테리아 유전체에 존재합니다. 16S rDNA는 서로 다른 세균속 간의 차이를 반영할 수 있으며, 시퀀싱 기술을 통해 그 서열을 비교적 쉽게 얻을 수 있어, 현재 병원균의 검출 및 식별에 널리 사용됩니다. 16S rRNA의 가변 영역은 서로 다른 미생물 군집의 속 또는 종의 계통 진화 분류에 자주 사용됩니다.
18S rDNA 시퀀싱:18S rDNA는 진핵 생물의 리보솜 소단위 rRNA의 DNA 서열을 코딩합니다. 구조적으로 보존 영역과 고변이 영역으로 구분되며, 보존 영역은 생물 종 간의 친연 관계를 반영하고, 고변이 영역은 종 간의 차이를 반영하며, 18S rDNA는 ITS에 비해 진화 속도가 더 보존적입니다.
ITS 시퀀싱:진핵 생물에서 18S rDNA와 28S rDNA 전사 간격 서열은 ITS 영역이라고 합니다. ITS는 비전사 영역이므로 선택 압력이 적어 변이가 강합니다. ITS는 중도로 보존된 영역으로, 이를 이용하여 종 및 종 이하의 분류 계층을 연구할 수 있습니다.
엠플리콘 시퀀싱 연구 대상
엠플리콘 시퀀싱 기술의 장점: 높은 식별 효율:클론 또는 배양 등 전통적인 식별 방법에 비해 미생물 군집 16S/18S/ITS 시퀀싱은 더 빠르고 정확한 방법입니다;
이중 영역 검출:하나 이상의 가변 영역에 대한 유연성으로 더 긴 시퀀스 읽기를 수행할 수 있으며, 군집을 더 정확하게 분석할 수 있습니다;
비용 절감:메타지놈 시퀀싱과 비교하여, 시퀀싱 깊이에 대한 요구가 낮아 비용 대비 효과가 높습니다;
높은 민감도:매우 낮은 풍부도의 박테리아를 식별할 수 있습니다.
엠플리콘 시퀀싱 실험 과정:
엠플리콘 시퀀싱 실험 과정
엠플리콘 시퀀싱 분석 과정:
엠플리콘 시퀀싱 분석 과정
엠플리콘 시퀀싱 서비스의 장점:
경험이 풍부한 기술자가 실험 설계, 샘플 검사, 데이터 분석 등 전체 전문 서비스를 제공합니다;
명확한 절차로 불필요한 샘플과 시간 낭비를 줄여주며, 짧은 납기 시간을 보장합니다;
다양한 출처의 샘플에 대해 다른 추출 방법과 라이브러리 시퀀싱 전략을 사용하여 다양한 환경 연구 요구를 충족합니다;
바이오텍 회사는 단백질체, 대사체 등 분석 플랫폼을 보유하고 있어 다중 오믹스 통합 분석을 통해 논문 품질을 향상시킬 수 있습니다.
엠플리콘 시퀀싱 샘플 요구사항: 샘플 유형:메타 샘플, 예를 들어 대변, 토양 등이나 메타 DNA 샘플 모두 검출 가능합니다. 구체적인 요구사항은 기술자에게 문의하세요.
