10X 공간 전사체와 10X 단일 세포 데이터 통합 분석 방법 요약
10X Genomics가 제공하는 공간 전사체 데이터와 단일 세포 데이터의 통합 분석은 주로 다음과 같은 방법을 포함합니다:
1. 공발현 분석:
공발현 네트워크 분석(WGCNA) 또는 기타 상관성 분석 방법을 사용하여, 다양한 세포 유형이나 조직 영역에서 함께 발현되는 유전자를 식별합니다.
2. 공간 매핑 및 세포 유형 주석:
단일 세포 데이터를 사용하여 공간 전사체 데이터 내의 세포 유형을 주석합니다. 이는 공간 데이터의 유전자 발현 패턴을 알려진 단일 세포 유형의 발현 패턴과 비교하여 구현할 수 있습니다.
3. 기능적 풍부화 분석:
단일 세포 표현형과 공간 위치를 결합하여 GO 또는 KEGG를 사용한 기능 주석을 수행하고, 다양한 조직 영역 내에서 세포의 기능적 특징을 드러냅니다.
4.4. 유사 시간 분석:
단일 세포 데이터의 유사 시간 궤적 분석과 공간 데이터를 결합하여, 다양한 조직 구조 내에서 세포의 발달 궤적을 밝힙니다.
5. 세포 간 상호작용 분석:
공간 데이터를 사용하여 세포 간의 공간 상호작용을 추론하고, 단일 세포 데이터를 결합하여 세포 간 통신을 추가로 분석합니다.
6.시각화:
t-SNE, UMAP 또는 공간 플롯을 사용하여 데이터 시각화를 수행하고 세포 유형 식별 및 공간 정보를 결합하여 조직 구조 내에서 세포의 이질성을 나타냅니다.
통합 분석 소프트웨어에는 R 패키지 또는 Python 패키지인 Seurat(R), Scanpy(Python), spatialDE(Python) 등이 포함되어 있으며, 고급 분석 및 통합에 사용할 수 있습니다.
BiotechPack, 바이오의약품 특성 분석 및 멀티오믹스 질량분석(MS) 서비스 제공업체
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