단백질 상호작용 네트워크 분석

STRING는 여러 생물 종의 예측된 및 실험적으로 검증된 단백질-단백질 상호작용을 수록한 데이터베이스로, 직접적인 물리적 상호작용과 간접적인 기능적 관련성을 포함합니다. 차등 발현 분석 결과와 데이터베이스에 수록된 상호작용 관계 쌍을 결합하여 차등 발현 단백질 상호작용 네트워크를 구성합니다. 분석 과정에서 차등 발현 단백질을 STRING 데이터베이스에 매핑하여 차등 단백질의 상호작용 관계 정보를 얻습니다. STRING 데이터베이스는 실험 데이터, PubMed 요약에서 텍스트 마이닝한 결과, 종합된 다른 데이터베이스의 데이터 외에도 생물정보학적 방법을 이용한 예측 결과를 포함하고 있기 때문에, 검색 결과에서 종합 점수가 0.4 (중간) 이상인 단백질 상호작용 관계 쌍을 선별하고, 적절한 생물정보학 분석 소프트웨어를 사용하여 상호작용 결과를 시각화합니다. 결과는 그림과 같습니다:

그림 1 차등 발현 단백질 상호작용 정보의 서로 다른 출처 증거(Evidence)

차등 발현 단백질 상호작용 정보의 서로 다른 출처 증거(Evidence)2

그림 2 차등 발현 단백질 상호작용 강도 정보 그림(Confidence)

참고: 원(circle)은 단백질을 나타내며, 다른 색상은 서로 다른 단백질을 나타냅니다. 원 안에는 단백질의 3차원 구조가 있습니다. 직선은 단백질 간의 상호작용 관계를 나타냅니다. 선이 두꺼울수록 상호작용 관계가 더 강함을 나타냅니다. 어두운 색의 선은 evidence view의 원에서 관계가 있지만 actions 그림에서는 관계가 없음을 나타냅니다.

그림 3 차등 발현 단백질 간의 서로 다른 작용 모드(Actions)

차등 발현 단백질 간의 서로 다른 작용 모드(Actions)2