일반 전사체 시퀀싱 샘플 품질 검사가 불합격인 경우, 이 샘플을 다시 보낼 수 있습니까? 이전에 합격한 샘플과 함께 분석할 수 있습니까?

일반 전사체 시퀀싱에서 일부 샘플의 품질 검사가 불합격인 경우, 해당 샘플만 개별적으로 보충 제출할 수 있습니다. 보충 제출된 샘플은 기술적 절차와 데이터 분석에서 이전의 합격 샘플과 함께 통합 분석이 가능하지만, 데이터 품질의 일관성을 보장하기 위해 다음 사항에 유의해야 합니다.

 

일반적인 실험 단계 권장 사항

1. 보충 제출된 샘플의 RNA 추출 및 정제 절차

(1) 샘플 간 배치 차이를 피하기 위해 최초 제출 시와 동일한 추출 방법 및 시약(TRIzol, 컬럼법 등)을 유지해야 합니다.

(2) RNA의 완전성(RIN 값)과 순도 지표(A260/280, A260/230)는 여전히 라이브러리 구축 표준에 도달해야 합니다.

2. 라이브러리 구축 및 시퀀싱 계획

(1) 보충 제출된 샘플과 최초 합격 샘플에 동일한 라이브러리 구축 키트와 시퀀싱 플랫폼(Illumina PE150 등)을 사용하는 것을 추천합니다.

(2) 시간 간격이 길지 않다면, 플랫폼은 일반적으로 동일한 배치 시약을 사용하여 라이브러리를 구축하고 한 기기로 시퀀싱을 진행하여 배치 효과를 줄일 수 있습니다.

 

데이터 분석 단계 권장 사항

1. 통합 분석의 가능성

(1) 시퀀싱 플랫폼과 전략이 일치하면 하나의 배치로 공동 분석이 가능합니다(DESeq2, edgeR 차등 발현 분석 등).

(2) 보충 제출된 샘플의 FastQ 파일은 원본 샘플과 함께 일괄적으로 정렬, 정량 및 표준화 처리에 포함될 수 있습니다.

 

2. 불가피한 라이브러리 구축 또는 시퀀싱 배치 차이가 존재하는 경우, 분석 시 배치 효과 조정 전략을 도입해야 합니다. 예를 들어:

(1) ComBat(sva 패키지), removeBatchEffect(limma 패키지) 사용;

(2) 또는 차등 분석 모델에 '배치' 요인을 명시적으로 추가합니다.

 

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