질량 분석 펩타이드 서열 식별을 완료한 후 결과를 어떻게 분석해야 합니까?
질량 분석으로 펩타이드 서열 식별 결과를 획득한 후, 연구 목표(정성, 정량, 기능 연구)에 따라 다음 단계의 분석을 단계별로 진행해야 합니다. 일반적인 절차는 다음과 같습니다:
1. 결과 품질 관리 및 필터링
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데이터베이스 검색 결과의 점수 지표(Peptide/Protein FDR, Score, Unique peptide 수 등)를 확인합니다.
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낮은 신뢰도의 단백질이나 단 하나의 펩타이드에 의해만 지원되는 결과를 제거하여 데이터의 신뢰성을 확보합니다.
2. 단백질 정성 및 정량 정리
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식별만 수행할 경우, 식별된 단백질 목록, UniProt ID, 커버리지 등을 정리합니다.
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정량 분석(Label-free, TMT 등)이 포함될 경우, 각 샘플의 단백질 풍부도 매트릭스를 수집하고 정규화 및 결측값 처리를 수행해야 합니다.
3. 차이 분석(그룹 비교가 있을 경우)
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통계적 검정(t-검정, ANOVA 등)을 통해 차이 단백질을 선별합니다.
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일반적으로 Fold Change 및 유의성 임계값을 설정해야 합니다(예: FC≥1.5 또는 2, p<0.05).
4. 기능 주석 및 경로 풍부화
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GO, KEGG, Reactome 데이터베이스를 사용하여 기능 분류를 수행합니다.
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풍부화 분석을 통해 차이 단백질의 생물학적 의미를 평가합니다.
5. 추가 데이터 탐색
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단백질 상호작용 네트워크(STRING, Cytoscape);
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전사체, 대사체 데이터와 통합하여 조절 메커니즘을 탐색합니다.
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