단백질 분석 FAQ 모음
단백질이 발현 과정에서 포함체를 형성하는 것은 흔한 현상으로, 특히 원핵 발현 시스템(예: 대장균)에서 그렇습니다. 포함체는 불용성 단백질 집합체로, 일반적으로 잘못 접힌 단백질 사슬로 구성됩니다. 단백질 포함체 문제를 해결하기 위한 전략은 주로 발현 조건 최적화, 단백질 접힘 개선 및 재접힘 기술 사용 등을 포함합니다.
• 만약 단백질이 내세포망(ER) 잔류 신호와 미토콘드리아 유도 신호를 모두 가지고 있다면, 궁극적으로 어디에 위치할까요?
단백질이 동시에 내세포망(ER) 잔류 신호와 미토콘드리아 유도 신호를 가지게 되면, 그 궁극적인 위치는 이러한 신호 서열의 상대적인 강도와 위치 결정 과정에서의 경쟁 메커니즘에 따라 달라집니다. 일반적으로 다음과 같은 요소들이 최종 위치에 영향을 미칩니다:
• 현재 단백질 공간 구조를 연구하는 주요 방법은 무엇인가요?
현재 단백질 공간 구조를 연구하는 주요 방법은 X선 결정학(X-ray Crystallography), 핵자기 공명(NMR) 분광학, 냉동 전자 현미경(Cryo-EM), 계산 시뮬레이션 및 동종 모델링(Computational Modeling and Homology Modeling), 소각 X선 산란(SAXS)입니다.
• 포르말린 고정 교차결합 후 단백질 농도를 측정할 수 없는데, 이 단계에서 교차결합을 제거해야 농도를 측정할 수 있는 건가요?
네, 포르말린 고정 교차결합 후 단백질의 구조와 용해성이 변화하여 단백질 농도 측정에 영향을 미칠 수 있습니다. 포르말린은 단백질 분자 사이에 공유 결합을 형성하여 단백질이 불용성 망상 구조를 형성하게 만듭니다. 이러한 교차결합된 단백질은 전통적인 단백질 농도 측정 방법(예: BCA, Bradford 등)으로는 검출하기 어렵습니다. 따라서, 포르말린 교차결합 후 단백질 농도를 정확하게 측정하려면 일반적으로 먼저 교차결합 제거 처리를 해야 합니다.
• 단백질 교차 결합 후, 비운천 시약 키트의 용해액을 사용하여 세포 용해를 수행했지만 BCA 방법으로 측정한 농도가 매우 낮습니다. 그 이유는 무엇인가요?
단백질 교차 결합 후 BCA 방법으로 단백질 농도를 측정할 때, 얻은 농도가 매우 낮은 경우에는 여러 가지 원인이 있을 수 있습니다: 교차 결합 효과, 시약 반응 조건, 용해액의 영향, 샘플 희석도, 시약 키트의 유통 기한 만료 또는 잘못된 보관.
아미노산 연결로 구성된 분자는 대부분의 경우 단백질로 불리지만, 모든 아미노산 중합체가 단백질로 간주되지는 않습니다.
스펙트럼 검출 후, 데이터 분석에는 몇 가지 주요 단계가 포함됩니다: 데이터 품질을 검사하여 펩타이드 수와 신호 대 잡음 비율을 평가합니다; 펩타이드 정체성 결과의 일치 신뢰도와 수정 정보를 확인합니다; 단백질 발현 변화를 식별하기 위한 정량 분석을 수행합니다; 펩타이드 데이터를 해당 단백질에 매핑하고 생물학적 기능 분석을 수행합니다; 마지막으로, 데이터 시각화를 통해 발현 차이를 보여줍니다.
• 글루타르알데히드를 사용한 교차 결합 프로토콜은 어떻게 되나요?
글루타르알데히드는 일반적으로 사용되는 교차 결합제로, 단백질, 효소, 세포 등 생물 샘플의 고정 및 교차 결합에 널리 사용됩니다. 글루타르알데히드 교차 결합 실험에서는 일반적으로 단백질 복합체 또는 세포 구조를 안정화하는 데 사용되며, 다음은 일반적인 글루타르알데히드 교차 결합의 기본 프로토콜입니다(세포 또는 단백질을 예로 들면), 실제 실험 요구에 따라 조정할 수 있습니다.
• 분자체가 다른 크기의 활성 단백질을 분리할 때, 이 체가 완제품이 있습니까?
분자체(겔 여과 또는 분자 배제 크로마토그래피라고도 함)는 분리 기술 중 하나로, 주로 분자 크기에 따라 단백질, 핵산 등 생물 대분자를 분리하는 데 사용됩니다. 다른 크기의 활성 단백질을 분리할 때, 체는 분리에 사용되는 크로마토그래피 매질(일반적으로 고분자 입자)을 의미하며, 이러한 매질은 선택할 수 있는 완제품이 있습니다.
• far-western에서 나온 밴드는 흰색입니다. 왜 그런가요? 어떻게 해결할 수 있나요?
Far-Western Blot 실험에서 밴드가 흰색으로 나타나는 것은 일반적으로 과다 노출, 단백질 과다, 항체 농도가 너무 높거나, 검출 기질 불균일 또는 막 전이가 완전하지 않은 것과 관련이 있습니다. 이 문제를 해결하기 위해서는 노출 시간을 줄이고, 샘플 단백질 및 항체의 양을 줄이며, 기질이 고르게 분포하도록 하고, 단백질 전이 조건을 최적화하는 것이 좋습니다. 이러한 조정은 실험 밴드의 염색 효과를 개선하는 데 도움이 됩니다.
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