ATAC-seq 데이터의 차이 피크를 어떻게 추출합니까?(DiffBind 패키지 사용)

DiffBind 패키지를 사용하여 ATAC-seq 데이터에서 차별적인 피크를 추출하는 주요 단계는 다음과 같습니다:

1. 입력 데이터 준비:

먼저, ATAC-seq 데이터를 준비해야 합니다. 이는 일반적으로 MACS2와 같은 피크 호출 소프트웨어에서 생성된 피크 파일입니다. 여러 샘플의 경우, 각 샘플에 대해 피크 파일을 준비해야 합니다.

2. 샘플 시트 생성:

DiffBind에서는 샘플 정보(샘플 이름, 해당 피크 파일 경로, 조건(예: 처리군 및 대조군) 등)를 포함하는 샘플 시트(일반적으로 CSV 또는 Excel 형식)를 생성해야 합니다.

3. 데이터 읽기:

DiffBind의 dba() 함수를 사용하여 샘플 시트를 읽습니다. 이 단계에서는 서로 다른 샘플의 피크 데이터를 통합하여 DBA 객체를 형성합니다.

“dbaObj <- dba(sampleSheet = "path/to/your/sampleSheet.csv")”

4. 피크 정렬 및 병합:

dba.count() 함수를 사용하여 피크를 정렬하고 병합합니다. 이 단계에서는 각 샘플에서 각 피크의 커버리지를 계산합니다.

“dbaObj <- dba.count(dbaObj)”

5. 차별 분석:

dba.analyze() 함수를 사용하여 차별 분석을 수행합니다. 이 단계에서는 서로 다른 조건에서 유의미하게 변화하는 피크를 식별합니다.

“dbaObj <- dba.analyze(dbaObj)”

6. 결과 추출:

dba.report() 함수를 사용하여 차별적인 피크의 구체적인 정보를 추출합니다. 이는 피크 위치, 서로 다른 조건에서의 커버리지 차이를 포함한 표 형식으로 내보낼 수 있습니다.

“diffPeaks <- dba.report(dbaObj)”

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