왜 단일 세포 전사체에서 높은 유전자 반의사구 대조가 발생합니까?

단일 세포 전사체 시퀀싱(scRNA-seq)은 개별 세포 내 RNA 분자를 시퀀싱하는 방법입니다. scRNA-seq 데이터를 분석할 때 때때로 높은 반대 사슬 또는 반대 영역의 정렬이 관찰될 수 있습니다. 이는 다음과 같은 이유 때문입니다:

 

1.본질적으로 존재하는 반대 전사:

실제로, 많은 세포에서 반대 전사는 자연적으로 발생하는 과정입니다. 이러한 반대 RNA는 일반적으로 해당 유전자와 기능적으로 관련이 있으며, 유전자의 조절, 발현 억제 등에 관여할 수 있습니다. 예를 들어, 일부 반대 RNA는 정방향 mRNA와 결합하여 이중 사슬 구조를 형성함으로써 mRNA의 번역을 방지할 수 있습니다. 

 

2.기술이유:

scRNA-seq의 샘플 준비 과정에서 템플릿 전환 이벤트가 도입될 수 있습니다. 역전사 과정에서 RNA 중합효소가 RNA의 구조적 장애물이나 템플릿 전환을 만나면, 인근의 RNA 분자로 점프할 수 있으며, 이는 비템플릿 사슬에서 cDNA 합성을 유도하여 반대 RNA를 생성할 수 있습니다.

 

3.랜덤 프라이머:

랜덤 프라이머를 사용하여 역전사할 때, 반대 RNA의 cDNA가 생성될 수 있으며, 이는 시퀀싱 데이터에서 반대 영역의 정렬이 관찰될 수 있습니다.

 

4.데이터 분석의 편향:

scRNA-seq 데이터를 처리할 때, 라이브러리 준비, 정렬 전략 및 사용된 참조 유전체는 정렬 결과에 영향을 미칠 수 있습니다. 예를 들어, 다양한 전사체 및 비암호화 RNA를 포함하는 상세한 참조 유전체를 사용하여 정렬할 때, 더 많은 반대 영역의 정렬을 관찰할 수 있습니다.

 

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