【샘플 제출 가이드】바이타이파크 단백질 유전체학, 대사 유전체학 샘플 양 & 샘플 수집 및 운송 요구 사항

2.1. 일반 단백질군 (Label Free/DIA/TMT)

 

 

2.2. 변형 단백질군

 

 

2.3. 미량 단백질군

 

 

3. 특수 단백질군

3.1. 화학 단백질군 (약물 타겟)

 

 

3.2. 거대 단백질군

 

 

3.3. 외배체 단백질군

 

 

4. 펩타이드군

 

 

5. 대사체군

5.1. 비표적 대사체

 

 

5.2. 표적 대사체

 

 

2. 샘플 수집 가이드라인

1. 샘플 수집 및 운송 요구 사항

(1) 수집 및 운송 중에는 요구되는 온도를 엄격히 준수하여 보관해야 합니다. 동일한 샘플로 여러 오믹스를 수행할 경우, 샘플링 시 분할하여 반복적인 동결 해동을 피하는 것이 좋습니다.

(2) 샘플 수집 과정에서 사용되는 물은 초순수 물이어야 하며, 유기 용매는 크로마토그래피 순도 이상을 권장합니다.

(3) 샘플 수집 시 사용되는 원심관은 고품질 재료여야 하며, 샘플을 채운 후 충분한 양의 밀봉 필름으로 감싸 샘플 누출이나 불순물 유입을 방지해야 합니다 (추천 브랜드: Eppendorf, Axygen, Corning 등).

(4) 일부 기기 및 소프트웨어가 한글 및 특수 문자를 인식하지 못하므로, 샘플 이름은 가능하면 영어로 작성하고, 필요한 경우 문자 대신 '_'를 사용할 수 있습니다.

(5) 샘플 라벨링은 유성 펜으로 여러 곳에 표시하고, 충격 방지 재료로 포장하여 저온 운송 중 손상이 발생하지 않도록 해야 합니다.

(6) 이중 폼 박스를 사용하여 샘플을 운송하고 충분한 양의 드라이아이스를 추가합니다. 여름철에는 하루에 5kg, 겨울철에는 하루에 4kg의 드라이아이스가 필요하며, 택배 소요 시간에 따라 드라이아이스를 준비합니다.

 

2. 동물 조직 샘플

2.1. 일반 동물 조직 (뇌, 심장, 간, 비장, 신장, 폐 등)

(1) 필요한 조직을 정확히 절단한 후, 연구에 필요하지 않은 지방 및 결합 조직을 신속히 제거하고 조직을 20-50mg 크기의 작은 덩어리로 분할합니다 (대두 크기 약).

(2) 생리 식염수 또는 PBS로 샘플을 신속히 세척하여 혈액과 오염물을 제거합니다.

(3) 핀셋으로 샘플을 잡고 미리 라벨링된 원심관에 옮긴 후, 액체 질소로 10분 동안 급속 냉동하고, -80℃에 보관합니다.

(4) 드라이아이스로 배송하여, 반복적인 동결 해동을 피합니다.

참고: 종양 조직은 병리 조건에 따라 절단하며, 암 옆 조직은 병변에서 2cm 이상 떨어져 있어야 합니다.

 

2.2. 단단한 동물 조직 (뼈, 연골 등)

(1) PBS로 세척하고, 수술 도구로 연골을 1cm 정도 크기의 작은 덩어리로 절단합니다.³

(2) 라벨이 있는 원심관에 옮기고, 액체 질소로 10분 동안 급속 냉동한 후 -80℃에 보관합니다.

(3) 드라이아이스로 배송하여, 반복적인 동결 해동을 피합니다.

 

2.3. 단단한 동물 조직 (모발)

(1) 2% SDS, 50mM 인산나트륨 (pH7.8) 완충액으로 샘플을 세척하여 오염물을 제거합니다.

(2) 샘플을 건조시킨 후, 라벨이 있는 원심관에 옮기고 -80℃에 보관합니다.

(3) 드라이아이스로 배송하여, 반복적인 동결 해동을 피합니다.

 

2.4. 연체동물 (주혈흡충, 회선충 등)

(1) 샘플을 수집하고, 미리 냉각된 PBS로 숙주 오염물을 제거합니다.

(2) 라벨이 있는 원심관에 옮기고, 액체 질소로 10분 동안 급속 냉동한 후 -80℃에 보관합니다.

(3) 드라이아이스로 배송하여, 반복적인 동결 해동을 피합니다.

 

3. 식물 조직 샘플

3.1. 일반 식물 조직 (잎, 꽃, 과일, 씨앗, 나무뿌리, 나무껍질 및 양치류 등)

(1) 특정 부위의 조직을 취하고, 비목표 조직을 제거하며, 먼지와 눈에 띄는 불순물을 세척하고, 먼지 없는 종이로 닦아 건조시킵니다.

(2) 알루미늄 호일로 감싸거나 원심관에 넣고, 라벨링한 후 액체 질소로 10분 동안 급속 냉동하고 -80℃에 보관합니다.

(3) 드라이아이스로 배송하여, 반복적인 동결 해동을 피합니다.

 

3.2. 꽃가루

(1) 식물 개화기에 꽃가루를 수집하고, 해부현미경으로 꽃가루를 검사하며, 해부침으로 꽃약 조각 등의 불순물을 제거하여 EP 튜브에 옮깁니다.

(2) 광학현미경으로 꽃가루의 형태와 순도를 검사하고 -80℃에 보관합니다.

(3) 드라이아이스로 배송하여, 반복적인 동결 해동을 피합니다.

 

3.3. 조류

(1) 조류에 따라 적절한 원심력을 사용하여 조류를 분리하고, 세포의 완전성을 보장하며, PBS로 2-3회 세척한 후, 액체 질소로 10분 동안 급속 냉동하고 -80℃에 보관합니다.

(2) 드라이아이스로 배송하여, 반복적인 동결 해동을 피합니다.

 

4. 세포 샘플

4.1. 부유 세포

(1) 1000 g에서 10분 동안 원심분리하여 부유 세포를 수집하고, 배양 상청액을 버립니다.

(2) 미리 냉각된 PBS 용액으로 2-3회 세척하고, 원심분리하여 상청액을 버리고, 세포 침전물을 1.5mL 원심관에 수집합니다.

(3) 액체 질소로 10분 동안 급속 냉동하고, -80℃에 보관합니다.

(4) 드라이아이스로 배송하여, 반복적인 동결 해동을 피합니다.

 

4.2. 부착 세포

(1) 배양액을 버리고, 배양 접시를 흡수지 위에 뒤집어 놓아 액체를 제거합니다.

(2) 4℃로 미리 냉각된 PBS를 추가하고, 평면에 가볍게 흔들어 세포를 세척한 후, PBS를 버립니다. 위 과정을 2회 반복하여 배양액을 제거합니다.

(3) 배양 접시를 얼음 위에 두고, 트립신으로 소화한 후, 미리 냉각된 PBS를 추가하여 세포를 부유시킵니다.

(4) 세포 부유액을 15 mL 원심관에 수집하고, 4℃에서 1000 g로 10분 동안 원심분리하여 PBS를 제거합니다.

(5) 1mL PBS로 세포를 부유시킨 후, 새로운 1.5 mL 원심관으로 옮기고, 원심분리하여 PBS를 제거하고 세포 침전물을 보존하며, 액체 질소로 10분 동안 급속 냉동하고 -80℃에 보관합니다.

(6) 드라이아이스로 배송하여, 반복적인 동결 해동을 피합니다.

 

5. 액체 샘플

5.1. 혈청

(1) 진공 채혈관을 사용하여 혈액을 수집합니다 (항응고제 포함하지 않음, 빨간 뚜껑 권장) 또는 전혈을 깨끗한 원심관에 수집합니다.

(2) 부드럽게 위아래로 8-10회 혼합하고, 4℃에서 30분 동안 방치합니다.

(3) 4℃에서 1000 g로 10분 동안 원심분리합니다.

(4) 피펫을 사용하여 상층의 옅은 황색 혈청을 원심관에 옮기고, 혼합한 후 순간 원심분리합니다.

(5) 실험 요구에 따라 100-200μL/관으로 분주하고, 액체 질소로 10분 동안 급속 냉동한 후 -80℃에 보관합니다.

(6) 드라이아이스로 배송하여, 반복적인 동결 해동을 피합니다.

 

5.2. 혈장

(1) 진공 채혈관을 사용하여 혈액을 수집합니다 (항응고제 포함, 보라색 뚜껑 권장, EDTA 항응고제 포함) 또는 전혈을 항응고제가 포함된 원심관에 수집합니다.

(2) 부드럽게 위아래로 8-10회 혼합합니다.

(3) 4℃에서 1000 g로 10분 동안 원심분리합니다.

(4) 피펫을 사용하여 상층의 옅은 황색 혈장을 원심관에 옮기고, 혼합한 후 순간 원심분리합니다.

(5) 실험 요구에 따라 100-200μL/관으로 분주하고, 액체 질소로 10분 동안 급속 냉동한 후 -80℃에 보관합니다.

(6) 드라이아이스로 배송하여, 반복적인 동결 해동을 피합니다.

참고: 혈청/혈장 샘플 수집 시 동작을 부드럽게 하여 용혈을 피합니다. 샘플 색상은 투명한 밝은 노란색이어야 하며, 분홍색 또는 빨간색이 발견되면 용혈 오염이 있음을 나타내며, 후속 결과에 일정한 영향을 미칠 수 있습니다.

 

5.3. 소변 샘플

(1) 피험자의 아침 첫 소변 중간 부분을 수집하고, 4℃에서 임시 보관합니다 (8시간을 초과해서는 안 됨). 세균 오염을 피하고, 수집 전 식이 조절에 유의합니다.

(2) 4℃에서 1000 g로 15분 동안 원심분리하여 세포나 세포 조각을 제거합니다.

(3) 상층액을 새로운 원심관에 옮기고, 1mL/관으로 분주한 후, 액체 질소로 10분 동안 급속 냉동하고 -80℃에 보관합니다.

(4) 드라이아이스로 배송하여, 반복적인 동결 해동을 피합니다.

 

5.4. 젖, 복수

(1) 임상 수집 방법에 따라 젖, 복수 샘플을 원심관에 수집합니다.

(2) 실험 요구에 따라 1mL/관으로 분주하고, 액체 질소로 10분 동안 급속 냉동한 후 -80℃에 보관합니다.

(3) 드라이아이스로 배송하여, 반복적인 동결 해동을 피합니다.

 

5.5. 뇌척수액, 림프액, 관절액, 천자액

(1) 임상 수집 방법에 따라 샘플을 원심관에 수집합니다.

(2) 4℃에서 1000g~2000 g로 5분 동안 원심분리합니다.

(3) 상층액을 0.22μm 필터 (선택 사항)를 사용하여 여과하고, 여과된 액체를 수집합니다.

(4) 실험 요구에 따라 100μL/관으로 분주하고, 액체 질소로 10분 동안 급속 냉동한 후 -80℃에 보관합니다.

 

5.6. 타액 샘플

(1) 2시간 이상 금식 후, 오전 9-12시 사이에 채취;

(2) 4℃, 1000g~2000g에서 5분간 원심 분리;

(3) 상층액을 0.22μm 필터(선택 사항)로 여과하여 여과액을 수집;

(4) 실험 요구에 따라 100-200μL/튜브로 분주, 액체 질소로 10분간 급속 냉동 후 -80℃에 보관;

(5) 드라이아이스로 배송, 반복적인 해동과 냉동을 피함.

 

5.7. 눈물 샘플

(1) 모세관 미세 피펫을 사용하여 4℃에서 8000-14000g으로 5분간 원심 분리하여 샘플 수집;

(2) 상층액을 원심관에 옮겨 액체 질소로 10분간 급속 냉동 후 -80℃에 보관;

(3) 드라이아이스로 배송, 반복적인 해동과 냉동을 피함.

 

5.8. 세포 배양액 상층

(1) 세포 수집 방법을 참고하여 기존 배양액을 제거하고 세포를 수집;

(2) 무혈청 배양액을 사용하여 세포를 계속 배양. 세포 성장 속도에 따라 24-48시간 동안 배양 후 상층액을 수집;

(3) 300g, 4°C에서 10분간 원심 분리하여 상층액을 15mL 원심관에 옮김;

(4) 4°C에서 3000g으로 15분간 원심 분리하여 불필요한 세포 파편 제거;

(5) 상층 샘플을 새로운 원심관으로 옮겨 5-10mL/튜브로 분주, 액체 질소로 10분간 급속 냉동 후 -80℃에 보관;

(6) 드라이아이스로 배송, 반복적인 해동과 냉동을 피함.

참고: 혈청이 포함된 배양액은 후속 실험에서 고농도의 단백질을 도입하여 식별 수가 크게 감소할 수 있음.

 

6. 미생물

(1) 4℃, 5000g에서 15분간 원심 분리 후 상층액을 버림;

(2) 미리 냉각한 PBS로 세균 침전을 재현탁한 후 다시 원심 분리하여 상층액을 버리고 3회 반복;

(3) 세균 침전을 새로운 원심관에 수집하고 실험 요구에 따라 50-100μL/튜브로 분주, 액체 질소로 10분간 급속 냉동 후 -80℃에 보관;

(4) 드라이아이스로 배송, 반복적인 해동과 냉동을 피함.

 

7. 대변, 장 내용물

7.1. 대변

(1) 대변 배출 후 샘플링 스푼으로 중간 부분을 취해 라벨이 붙은 원심관으로 옮김;

(2) 실험 요구에 따라 샘플을 분주하며, 각 튜브당 100~500mg, 액체 질소로 10분간 급속 냉동 후 -80℃에 보관;

(3) 드라이아이스로 배송, 반복적인 해동과 냉동을 피함.

 

7.2. 장 내용물

(1) 전체 장을 제거하고 목표 구역을 잘라 장을 세로로 절개, 장 내용물을 노출시킴;

(2) 무균 샘플링 기구를 사용하여 장 깊숙한 곳의 내용물을 라벨이 붙은 원심관에 수집 (장 표피 조직 및 혈액 등 불순물은 피함);

(3) 실험 요구에 따라 샘플을 분주하며, 각 튜브당 100~500mg, 액체 질소로 10분간 급속 냉동 후 -80℃에 보관;

(4) 드라이아이스로 배송, 반복적인 해동과 냉동을 피함.

 

8. 환경 샘플

8.1. 토양

(1) 지하 5~20cm의 토층을 파내고 눈에 보이는 불순물을 제거;

(2) 토양을 2mm 체로 걸러 5-10g/튜브로 새로운 원심관에 분주, 액체 질소로 10분간 급속 냉동 후 -80℃에 보관;

(3) 드라이아이스로 배송, 반복적인 해동과 냉동을 피함.

 

8.2. 수체

(1) 필요한 수체 샘플을 채취하여 24시간 방치 후 슬러지 등 큰 입자 불순물을 제거;

(2) 상층액을 0.22μm/0.45μm 필터로 여과하여 필터를 보관, -80℃에 냉동 보관;

(3) 드라이아이스로 배송, 반복적인 해동과 냉동을 피함.

참고:

①0.45μm 필터는 진균 및 더 큰 직경의 미생물을 걸러내며, 0.22μm 필터는 세균 및 더 큰 직경의 미생물을 걸러냄. 연구 목적에 따라 적절한 필터를 선택;

②필터는 냉동 후 쉽게 부서지므로 샘플 수집 후 가능한 한 빨리 실험을 진행하는 것이 좋음.

 

9. 발효물 잔여물(대곡, 술지게미, 작물 등)

(1) 샘플을 수집하여 2-5g/튜브로 원심관에 분주, -80℃에 보관;

(2) 드라이아이스로 배송, 반복적인 해동과 냉동을 피함.