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단백질 de novo 서열 분석 원리

단백질 디노보 시퀀싱 원리는 알려진 DNA 또는 RNA 서열 정보에 의존하지 않고 단백질 분자를 직접 분석하여 미지의 단백질 아미노산 서열을 식별하는 것입니다. 일반적으로 단백질 디노보 시퀀싱 원리는 질량 분석(MS), 특히 이중 질량 분석(MS/MS)을 핵심 기술로 사용합니다. 이 과정에서 단백질은 일반적으로 더 작은 펩타이드 조각으로 분해되며, 그런 다음 이러한 조각이 이온화되어 질량 분석기에서 추가로 분해됩니다. 이러한 조각 이온의 질량 대 전하 비율을 분석하여 펩타이드의 아미노산 서열을 추론하고 궁극적으로 전체 단백질 서열을 재구성할 수 있습니다.

 

단백질 디노보 시퀀싱 원리는 새로운 단백질 발견, 항체 서열 결정 및 생물의약품 개발에 널리 활용됩니다. 이 기술의 정확성과 효율성은 복잡한 질량 분석 데이터를 해석하는 능력에 힘입어, 파편 스펙트럼에서 원래 단백질의 서열을 추론하는 고성능 알고리즘 및 계산 도구에 의존합니다. 단백질 디노보 시퀀싱 원리는 단백질의 번역 후 수정, 알로스테릭 조절 및 단백질-단백질 상호작용을 이해하는 데 새로운 관점을 제공합니다. 단백질의 기능은 그 서열과 밀접하게 관련되어 있기 때문에, 단백질 디노보 시퀀싱 원리를 이해하는 것은 생체 분자 메커니즘을 탐구하고 새로운 약물을 개발하는 데 깊은 의미가 있습니다. 하지만 단백질 디노보 시퀀싱에는 복잡한 샘플 준비와 데이터 분석 요구 사항과 같은 몇 가지 과제가 있습니다.

 

일반적인 문제:

 

Q1. 단백질 디노보 시퀀싱 원리는 복잡한 번역 후 수정을 어떻게 처리합니까?

 

A: 단백질 디노보 시퀀싱은 고급 질량 분석 기술을 사용하여 번역 후 수정(PTMs)의 존재를 감지할 수 있습니다. 이러한 수정은 질량 분석 데이터에서 특성적인 파편 이온 패턴을 유발하며, 이러한 패턴을 분석하여 수정의 유형과 위치를 추론할 수 있습니다. 또한, 특정 질량 분석 방법인 이중 질량 분석은 복잡한 PTM을 식별하는 데 도움이 되는 고해상도의 파편 정보를 제공합니다.

 

Q2. 단백질 디노보 시퀀싱에서 서열 식별의 정확성을 어떻게 향상시킬 수 있습니까?

 

A: 우선, 샘플 준비 과정에서 오염과 분해를 최대한 줄여 펩타이드의 순도와 완전성을 보장해야 합니다. 다음으로, 적절한 효소 분해 방법을 선택하고 질량 분석기의 매개변수를 최적화하여 질량 분석 데이터의 해상도와 신호 대 잡음 비율을 높일 수 있습니다. 또한, 고효율 알고리즘과 데이터베이스 검색 도구를 사용하여 질량 분석 데이터를 보다 정확하게 해석하고 올바른 아미노산 서열을 식별할 수 있습니다.

 

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