비표적 결과에서 차등 대사물 VIP>1 및 P<0.05가 많이 있는데, 의미 있는 것을 어떻게 선택하나요?
비표적 대사체학 결과에서 차이 대사물의 수가 많고, VIP > 1 및 P < 0.05의 조건을 충족할 때, 생물학적 의미가 있는 대사물을 선택하기 위한 단계는 다음과 같습니다.
(1) 대사 경로 풍부도 분석: 차이 대사물을 경로 풍부도 분석에 적용하여, 우선적으로 유의미하게 풍부한 경로에 있는 대사물에 주목합니다. 이러한 대사물은 일반적으로 특정 생물학적 과정에서 핵심 역할을 합니다.
(2) 문헌 지원 및 생물학적 배경: 문헌을 참고하여 특정 생물학적 과정이나 질병과 관련이 있다고 보고된 대사물을 선별하여, 대사물의 생물학적 중요성과 관련성을 확인합니다.
(3) 대사 네트워크의 중요한 노드: Cytoscape와 같은 대사 네트워크 분석 도구를 사용하여 대사물 상호작용 네트워크를 구축하고, 네트워크에서 연결도가 높거나 중심성(예: 높은 매개 중심성)을 가진 대사물을 식별합니다. 이러한 대사물은 중요한 조절 노드인 경우가 많습니다.
(4) Fold Change의 유의성: VIP 및 P 값 조건을 충족하는 대사물 중에서 Fold Change가 큰 대사물(예: Fold Change > 1.5 또는 2)을 추가로 선택합니다. 변화 폭이 큰 대사물은 생물학적으로 의미 있을 가능성이 큽니다.
(5) 다중 오믹스 데이터 통합: 전사체나 단백질체 데이터가 있는 경우, 여러 오믹스에서 모두 유의미한 대사물을 선택하여 연구 목표와 여러 측면에서 관련되어 있음을 보장합니다.
(6) 실험 검증의 가능성: 검출 방법이 성숙하고, 후속 표적 정량 검증에 적합한 대사물을 우선 고려하여, 후속 실험에서 그 기능이나 메커니즘을 더 잘 검증할 수 있도록 합니다.
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