무참조 전사체에 외온 위치를 포함하는 특정 유전자 정보가 있는 파일이 있습니까? 프라이머를 설계하는 데 사용할 수 있는 그런 파일이요?

De novo 전사체 조립은 참조 게놈이 없으므로 유전자의 엑손 위치 정보를 직접 제공할 수 없습니다. 그러나 유전자 정보의 사용 가능성은 후속 분석 단계에 따라 달라집니다.

 

1. 다음은 프라이머 설계 정보를 포함할 수 있는 몇 가지 파일입니다.

1. 전사체 서열 파일 (FASTA)

Trinity, SOAPdenovo-Trans, Trans-ABySS와 같은 조립 소프트웨어로 얻은 전사체 서열 (*.fasta)은 후보 유전자의 프라이머 설계에 사용할 수 있지만 전사체 수준의 정보만 포함하며 엑손 위치 정보는 포함하지 않습니다.

 

2. 기능 주석 파일 (예: BLAST, eggNOG, GO, KEGG)

동종 비교(BLAST)를 수행한 경우 전사체에 해당하는 유전자 기능을 추정할 수 있으며, 근연 종의 게놈 정보를 결합하여 전사체 내 코딩 서열(CDS)의 위치를 대략적으로 예측할 수 있어 프라이머 설계를 보조할 수 있습니다.

 

3. GFF/GTF 주석 파일 (유전자 구조가 예측된 경우)

TransDecoder와 같은 도구를 사용하여 코딩 영역을 예측한 경우 GFF/GTF 형식의 구조화된 파일을 출력할 수 있으며, 여기에는 CDS, ORF 등의 영역이 포함되어 있어 프라이머 설계를 보조할 수 있습니다.

 

4. SNP/InDel 변이 탐지 파일 (VCF)

변이 분석을 수행한 경우 VCF 파일이 있으며, 전사체 수준의 변이 위치 정보를 포함하지만 엑손의 구체적인 위치를 확정할 수는 없습니다.

 

2. 프라이머 설계에 직접 사용할 수 있나요?

1. 프라이머 설계에 직접 사용할 수 있습니다.

(1) 특정 전사체를 증폭하려는 경우 전사체 서열 (FASTA)을 직접 사용하여 프라이머를 설계할 수 있습니다.

(2) 유전자 구조 예측(GFF/GTF)을 수행한 경우 이러한 정보를 사용하여 프라이머 위치를 최적화할 수 있습니다.

 

2. 엑손 위치를 직접 확정할 수 없습니다.

(1) 무참조 전사체는 게놈 정보가 없으므로 엑손과 인트론 경계를 정확히 위치시킬 수 없습니다(참조 종과의 비교를 제외하고).

(2) 후속으로 게놈 데이터를 보충한 경우 대조(예: Hisat2 + StringTie)를 통해 GTF 파일을 생성하여 엑손 구조를 확정할 수 있습니다.

 

3. 최적화 전략

엑손을 가로지르는 프라이머를 설계하려면:

1. BLAST를 사용하여 근연 종의 게놈과 비교하여 엑손 영역을 추정합니다.

2. de novo 조립과 유전자 예측(예: TransDecoder)을 결합하여 CDS 정보를 얻은 후 프라이머를 설계합니다.

3. 게놈 데이터가 사용 가능한 경우 전사체 대조(RNA-seq mapping)를 수행하여 더 정확한 엑손 정보를 얻는 것이 좋습니다.

 

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