단백질 간의 다양한 작용 모드는 STRING에서 어디에서 볼 수 있나요?
STRING 데이터베이스에서는 다양한 단백질 상호작용 패턴을 '상호작용 네트워크' 보기로 확인할 수 있습니다. 구체적으로, STRING 데이터베이스는 직접 상호작용, 간접 상호작용, 공동 발현 등 다양한 단백질 상호작용 패턴을 제공합니다.
이러한 상호작용 패턴을 보려면 다음 단계를 따라야 합니다:
1. STRING 데이터베이스 접근하기
STRING 데이터베이스의 공식 웹사이트로 이동하세요:https://string-db.org/
2. 단백질 네트워크 생성 또는 검색
검색창에 관심 있는 단백질의 이름, 유전자명, 또는 UniProt ID 등을 입력한 후 검색을 클릭하세요. 여러 종의 단백질이 동일한 경우, 연구 중인 종을 선택할 수 있습니다.
3. 단백질-단백질 상호작용(PPI) 네트워크 보기
검색 결과 페이지에는 단백질 상호작용 네트워크 그래프가 표시됩니다. 각 단백질은 다른 단백질과 선으로 연결되어 있으며, 선의 종류는 다양한 상호작용 유형을 나타냅니다.
4. 다양한 상호작용 패턴 보기
1. STRING에서 단백질 상호작용의 유형은 다음과 같이 구분됩니다
(1) 실험으로 검증된 상호작용: 이러한 상호작용은 면역공침, 이스트 투 하이브리드 등과 같은 실험 방법으로 검증된 것입니다.
(2) 예측된 상호작용: 이러한 상호작용은 계산 방법을 통해 예측된 것으로, 유전자 상동성, 공동 발현, 유전자 공위치 등의 정보를 기반으로 할 수 있습니다.
(3) 데이터베이스 및 문헌 데이터: IntAct, BioGRID 등 다른 데이터베이스 및 문헌 자료를 통해 수집된 상호작용 데이터입니다.
(4) 공동 발현/게놈 연관: 일부 상호작용은 유전자 발현 데이터 분석을 기반으로 하며, 단백질이 동일한 생물학적 과정이나 경로에서 공동으로 발현될 수 있어서 상호작용이 있을 것으로 추측됩니다.
2. 그래픽 인터페이스 오른쪽 상단의 필터를 통해 상호작용 종류를 조정할 수 있습니다
(1) 상호작용체: 모든 예측된 상호작용을 표시합니다.
(2) 실험적으로 검증된 것: 실험적으로 검증된 상호작용만 표시합니다.
(3) 데이터베이스: 다양한 데이터베이스에서 온 상호작용.
(4) 텍스트 마이닝: 문헌 마이닝을 기반으로 한 데이터.
5. 특정 상호작용 패턴 보기
1. 네트워크 노드 클릭: 특정 단백질 노드를 클릭하면 해당 단백질의 상세 정보를 볼 수 있으며, 다른 단백질과의 상호작용 패턴(예: 직접 상호작용, 공동 발현 관계 등)을 확인할 수 있습니다. 이 단백질의 상세 정보에는 기능 주석, 가능한 작용 방식 및 관련된 생물학적 프로세스가 포함됩니다.
2. 네트워크 분석 옵션: 네트워크 보기에서 다양한 시각화 옵션을 통해 상호작용의 다양한 측면을 볼 수 있습니다. 실험적으로 검증된 상호작용, 예측된 상호작용 등 어떤 유형의 상호작용을 표시할지 선택할 수 있으며, 네트워크 분석 옵션을 통해 특정 유형의 단백질이나 상호작용을 필터링할 수 있습니다.
6. 경로 및 기능 모듈 보기
1. 경로 및 생물학적 과정 분석: STRING은 입력된 단백질을 기반으로 관련 경로 및 생물학적 과정 정보를 포함하는 뷰를 생성합니다. 이러한 정보를 통해 단백질이 속한 신호 경로, 대사 경로 등을 확인할 수 있습니다. 이를 통해 세포 내 단백질의 기능과 작용 방식을 이해할 수 있습니다.
2. 기능적 풍부화: 단백질이 참여하는 기능적 풍부화 분석 결과를 확인할 수 있으며, 이를 통해 다양한 생물학적 과정, 분자 기능, 또는 세포 구성 요소에서 이들 단백질의 역할을 이해할 수 있습니다.
7. 다운로드 및 추가 분석
1. 데이터 다운로드: STRING은 네트워크 데이터와 이미지를 내보내는 기능을 제공합니다. 상호작용 데이터를 TSV, CSV, PNG 등 다양한 형식으로 다운로드하여 추가 분석에 사용할 수 있습니다.
2. 추가 분석: 다른 생물정보학 도구와 결합하여 상호작용 데이터를 더 깊이 분석할 수 있으며, 단백질-단백질 네트워크 분석, 모듈 분석 등을 수행할 수 있습니다.
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