docking 소프트웨어를 사용하여 펩타이드 예측 후 어떤 방법으로 결합을 검증해야 할까요?
분자 도킹(docking)으로 펩타이드와 표적 단백질의 결합 모드를 예측한 후, 실험적인 방법으로 결합 친화력과 특이성을 검증해야 합니다. 일반적으로 사용되는 방법은 두 가지로 나눌 수 있습니다:
1. 생화학적 또는 생물물리적 방법 (직접 결합 측정)
1. 표면 플라즈몬 공명(SPR)
실시간 결합 동역학 매개변수(ka, kd) 및 평형 해리 상수(KD)를 얻을 수 있으며, 친화력 및 동역학 특성을 검증하는 데 적합합니다.
2. 등온 적정 열량법(ITC)
결합 열역학 매개변수(ΔG, ΔH, ΔS) 및 친화력을 직접 측정할 수 있으며, 높은 친화력 시스템에 적합합니다.
3. 마이크로스케일 열이동(MST)
샘플 요구량이 적고, 결합 상수를 신속하게 평가할 수 있습니다.
4. 형광 편광(FP) 또는 FRET
소분자/펩타이드와 단백질의 결합 스크리닝에 사용되지만, 표지가 필요합니다.
2. 세포 또는 기능 수준 검증 (간접 증거)
1. 면역 공동 침전(Co-IP) 또는 풀다운(Pull-down) 실험
펩타이드와 단백질이 세포 내 또는 시험관 내에서 복합체를 형성하는지 검증합니다.
2. 기능성 실험 (신호 경로 활성화/억제, 효소 활성 억제 등)
결합이 생물학적 효과를 가지는지 검증합니다.
추천 사항
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초기 스크리닝 단계에서는 MST 또는 SPR을 사용하여 펩타이드와 표적 간의 실제 친화력을 평가하고 도킹 예측 결과와 비교할 수 있습니다.
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우선순위가 높은 후보는 ITC를 사용하여 열역학 매개변수를 정확하게 측정합니다.
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결합이 안정적이고 생물학적 기능을 가지는 경우, 세포 기능 실험을 통해 생리적 관련성을 검증합니다.
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