대사체학 FAQ 요약
• 마우스 혈청 샘플, 일반 검사에서 각 튜브에 필요한 부피는 일반적으로 몇 마이크로리터인가요? 세 개의 실험 그룹이 있으며, 각 그룹에 얼마나 많은 샘플을 제공해야 하나요?
명시적으로 언급되지 않은 "검사"가 어떤 종류의 실험(예: LC-MS 대사체, ELISA, 면역 블롯, 임상 생화학, 전사체 등)을 지칭하는지에 따라, 서로 다른 플랫폼과 분석 내용에 따라 혈청 부피와 샘플 수에 대한 요구 사항이 크게 달라집니다. 그러나 일반적인 실험 경험을 바탕으로, 다음은 몇 가지 전형적인 검사에서 마우스 혈청의 부피와 샘플 수에 대한 기본 요구 사항입니다. 참고하시기 바랍니다: 1. 각 튜브에 필요한 혈청 부피(일반적인 실험 추정 기준) 실험 유형 필요 부피(μL/샘플) 비고 LC-MS 대사체 100–200 μL 동결 건조/전처리 손실 고려 필요 ELISA 50–100 μL 키트 민감도에 따라 다름 면역 블롯(WB) 50–100 μL 혈청에서 단백질 추출 시 회수율 낮음 임상 생화학 지표 측정 100–200 μL 서로 다른 지표의 요구가 다름 다중 오믹스 통합 분석 200 μL 이상 다중 플랫폼 결합 시 샘플을 여러 튜브로 나누어야 함 2. 각 그룹 샘플 수(통계적 권장 사항) 1. 기초 과학 연구 탐색 단계: 각 그룹에 n ≥ 6을 권장하며, 초기 경향 판단에 사용할 수 있습니다. 2. 대사체, 단백체 등 고처리량 오믹스 연구: 각 그룹에 n ≥ 8–10을 권장하여 다중 비교 후 통계적 효능을 강화합니다. 3. 임상 전 동물 연구, 발표 수준의 데이터 요구: 각 그룹에 n ≥ 10–12, 특히 개체 차이가 큰 모델(예: 고지방, 고당 유도 모델 등)에서. 요약 권장 사항(초기) 오믹스 유형......
• S1P는 대사체학을 해야 합니까, 아니면 지질체학을 해야 합니까?
S1P(스핑고신-1-인산)은 세라마이드 대사물로, 세라마이드 대사 경로에서 중요한 신호 분자이며 전형적인 지질 특성을 가지고 있습니다. 따라서 분석 방법 및 대사 경로 분류 관점에서 보면: 분류상 S1P는 "지질체학(lipidomics)" 연구 범주에 포함되는 것이 더 적합합니다. 방법론적으로 지질체학은 종종 표적 또는 비표적 LC-MS/MS 방법을 사용하며, 특히 역상 크로마토그래피(RP-LC) + ESI 양이온 모드의 MRM 또는 PRM 방법을 사용하여 S1P를 고감도로 검출할 수 있습니다. 데이터 해석 측면에서, 만약 연구가 세라마이드 대사 경로(예: S1P와 스핑고신, 세라마이드 간의 대사 전환)에 집중된다면 지질체학 데이터베이스(예: LIPID MAPS) 및 경로 도구(예: KEGG 스핑고리피드 대사)를 사용하여 주석 및 경로 풍부도 분석을 수행해야 합니다. 만약 연구의 초점이 신호 전달 기능이나 비지질 분자와의 상호작용이라면, 특정 대사물로서 표적 대사체학에 포함시켜 분석할 수도 있습니다. 그러나 방법론 및 귀속 관점에서 지질체학 접근 방식을 따라 검출 및 해석을 수행하는 것이 추천됩니다.
• 어류의 장 내용물을 샘플링하여 후속 배양 작업을 진행하려면, 운송 중 어떻게 보관해야 하나요?
어류의 장 내용물을 수집하여 후속 배양(미생물 분리 배양) 실험을 진행할 때, 운송 및 보관 조건은 미생물의 활성과 군집 구조에 매우 중요합니다. 다음은 대부분의 혐기성/통성 세균, 호기성 세균을 분리해야 하는 미생물학적 작업 장면에 적합한 전문적인 조언입니다: 운송 중 보관의 핵심 원칙: 1. 저온 유지(4°C) 운송, 대사 억제 샘플링 후 즉시 냉각된 무균 원심관 또는 샘플 백에 넣고 아이스박스/아이스백에 담아 운송해야 합니다; 냉동(−20°C 이하)은 금지되며, 그렇지 않으면 세균의 활성이 손상될 수 있습니다. 특히 살아있는 세균 선별의 경우에는 더욱 주의해야 합니다; 2. 공기 중 노출을 피하세요(혐기성 세균을 선별하는 경우) 목표에 혐기성 세균이 포함되어 있다면, 혐기성 샘플링 튜브(Anaerobe Transport Tube) 또는 질소로 가득 찬 밀폐 용기를 사용하는 것이 좋습니다; CO₂ 혐기성 백/혐기성 통에 포장할 수 있습니다; 3. 보호제를 추가하는 것이 좋습니다(선택 사항) 짧은 시간 내에 배양할 수 없는 경우, 내용을 무균 글리세롤 보호액(10–20% 글리세롤)과 혼합하여 일시적으로 냉장 보관(4°C, <12시간)하거나 샘플을 나누어 -80°C에 보관할 수 있지만, 이 방법은 미생물 DNA/RNA 보존에 적합하며 살아있는 세균 선별에는 권장하지 않습니다; 4. 운송 시간을 최대한 24시간 이내로 제한하십시오 운송이 빨라질수록 좋으며, 샘플링 후 즉시 실험실이나 배양 기지로 이송하는 것이 좋습니다; 거리가 먼 경우에는 드라이아이스를 이용한 운송이 가능합니다(DNA 추출 용도......
• 야외에서 잎을 수집하고 싶습니다. 플라보노이드, 다당류, 트리테르펜을 측정하려고 합니다. 잎은 액체 질소에 보관해야 하나요?
네, 수집 후 즉시 액체 질소로 잎을 급속 동결하고 -80°C에 보관하는 것이 좋습니다. 이는 플라보노이드, 다당류 및 트리테르펜과 같은 2차 대사 산물의 함량을 최대한 안정적으로 유지하기 위함입니다. 구체적인 설명은 다음과 같습니다: 1. 액체 질소 급속 동결의 필요성 (1) 플라보노이드와 트리테르펜은 소분자 대사 물질이며, 다당류는 고분자 제품으로 세 가지 모두 효소 활성, 광선, 온도 등에 의해 분해 또는 전환되기 쉽습니다. (2) 잎은 수집 후에도 대사 활동이 존재하므로 대사 과정을 즉시 중단하지 않으면 분석 전에 이러한 목표 물질의 함량이 변동하게 되어 후속 데이터의 비교 가능성과 정확성에 영향을 미칩니다. (3) 액체 질소 급속 동결은 조직 내 효소를 신속하게 비활성화하여 대사 상태를 고정시킬 수 있으며, 특히 야외 샘플링 조건이 복잡하고 즉시 처리하기 어려운 상황에 적합합니다. 2. 보관 조건 추천 (1) 액체 질소로 급속 동결한 후 -80°C 냉장고에 옮겨 보관하면 수주에서 수개월 간 안정적으로 보관할 수 있습니다. (2) 야외 조건에서 액체 질소를 사용하기 어려운 경우, 최소한 샘플을 휴대용 액체 질소 용기나 드라이 아이스에 임시로 동결하고 가능한 한 빨리 실험실로 가져와 처리해야 합니다. 3. 주의 사항 (1) 수집 시 햇빛 직사와 기계적 손상을 피하고 가능한 한 신속하게 처리해야 합니다; (2) 각 식물, 각 샘플링 지점은 별도로 번호를 매기고 시간, 장소 등의 정보를 기록해야 합니다; (3) 정성적 스크리닝(예: 특정 대사 물질이 포함되어 있는지의 초기 검사)을 수행하는 경우 냉장 운송도 고려할 수 있지만, 정량 연구는 반드시 액체 질소 급속 동결 보관을 사용해야 합니다.
• 기체 크로마토그래피에서 상대 함량을 어떻게 구하나요?
기체 크로마토그래피에서 '상대 함량'의 계산은 일반적으로 정성 또는 반정량 분석에 사용되며, 본질적으로 특정 신호 강도(일반적으로 피크 면적)를 화합물 함량의 근사 지표로 사용합니다. 상대 함량의 일반적인 계산 방법은 다음과 같습니다: 1. 일반적인 상대 함량 공식(보정되지 않음) 그림 1 2. 반응 인자를 사용한 상대 함량 공식(보정됨) 그림 2 백타이파크 생명 과학--생물 제품 특성화, 다수의 학생 생물 질량 분석 우수 서비스 제공자 관련 서비스: 대사체학
• C57 신생 태鼠의 대변에서 담즙산 스펙트럼의 성분과 함량을 어떻게 정성 및 정량 분석할 수 있을까요?
C57 신생 태鼠 대변의 담즙산 스펙트럼을 정성 및 정량 분석하기 위해서는 다음의 주요 기술적 문제를 해결해야 합니다: 샘플 기질이 복잡하고, 담즙산 종류가 다양하며 극성 차이가 크고, 함량이 매우 낮을 수 있습니다. 다음은 추천하는 실험 절차 및 방법입니다: 1. 샘플 전처리 1) 대변 수집 수집 시간: 신생 쥐의 장에서 첫 배변 후 즉시 수집하여 모체 성분의 오염을 피해야 합니다. 보관 방법: 즉시 액체 질소에서 급속 동결하고, -80°C에서 장기 보관합니다. 2) 담즙산 추출 샘플 계량: 동결 건조된 대변 10–50 mg을 정확히 측정합니다. 추출 용매: 70% 메탄올(0.1% 포름산 포함) 또는 75% 아세토니트릴/물, 부피 비율 1:20~1:40. 내표준 추가: 안정 동위 원소로 표지된 담즙산 내표준(예: d4-CA, d4-CDCA, d4-DCA 등)을 추가하여 후속 정량에 사용합니다. 초음파 진동 + 믹싱: 얼음 목욕에서 초음파 처리 15–30분, 4°C에서 원심 분리합니다. 상등액 취하기: 0.22 μm 필터를 사용하여 처리하고, 주입병으로 옮깁니다. 2. 크로마토그래피-질량분석 플랫폼 선택 UPLC-MS/MS 플랫폼을 사용하는 것을 권장하며, MRM 모드와 함께 고감도 정량 분석을 수행합니다. 1) 크로마토그래피 조건(추천) (1) 크로마토그래피 컬럼: C18 역상 컬럼(예: Waters Acquity UPLC BEH C18, 1.7 μm, 2.1×100 mm) (2) 이동상: A: 0.1% 포름산 수용액 B: 0.1% 포름산 아세토니트릴 (3) 그래디언트 세척: 담즙산 분리를 위한 적합한 그래디언트를 설정합니다(예: 30분 이내 20%에서 시작).
• 이중 아실 글리세롤 합성의 주요 효소 속도 제한 효소는 무엇입니까?
이중 아실 글리세롤(DAG, diacylglycerol) 합성의 속도 제한 효소는 합성 경로에 따라 다릅니다: 1. "인지질 아실 글리세롤 경로(Kennedy pathway)"에서 DAG는 인지질산(PA) 탈인산화로 생성되며, 그 속도 제한 단계는 일반적으로 인지질산 인산가수분해효소(PAP, phosphatidic acid phosphatase)입니다. 특히 Lipin 단백질 가족이 PA → DAG를 촉매하며, 이는 이 경로의 속도 제한 단계로 간주됩니다. 2. "글리세롤-3-인산 경로(de novo 합성)"에서 DAG의 합성 전구체는 인지질산(PA)이며, 그 합성의 주요 속도 제한 효소는 글리세롤-3-인산 아실 전이효소(GPAT)입니다. 특히 미토콘드리아형 GPAT1이 해당 효소로, 글리세롤-3-인산을 아실화하여 LPA로 전환하는 초기 속도 제한 단계입니다. 요약하자면, DAG의 가장 직접적인 생성 단계에 초점을 맞춘다면 PAP(예: Lipin)가 주요 속도 제한 효소이며, de novo 합성 관점에서 살펴본다면 GPAT가 초기 속도 제한 효소입니다. 경로에 따라(예: 중성지방 합성, 신호 전달 또는 막지질 합성) 추가적인 명확화가 필요합니다.
• 현재의 야크 우유 올리고당의 특성화 기술로 어떤 방법을 사용하고 있나요?
우유 올리고당, 특히 야크 우유 올리고당은 현재 주로 크로마토그래피와 질량 분석 기술을 결합하여 구조 식별 및 정량 분석을 수행하고 있습니다. 구체적인 방법은 다음과 같은 범주로 나뉩니다: 1. 샘플 추출 및 정제 단백질 침전, 지방 제거 후 고체상 추출(SPE) 등의 방법을 사용하여 유당, 올리고당 및 기타 성분을 분리하여 후속 분석을 위한 배경 간섭을 정리합니다. 2. 액체 크로마토그래피-전기 분무-이온화 질량 분석(LC‑ESI‑MS/MS) (1) 자유 및 결합 올리고당의 정성/정량 분석에 일반적으로 사용되며, 중성 및 신타이올리당을 동시에 검출할 수 있습니다. (2) 고효율 액체 크로마토그래피(예: 역상 또는 그래핀 탄소 크로마토그래피 PGC)와 결합된 ESI‑MS/MS를 통해 모 이온 및 파편 스펙트럼을 얻어 구조 추론 및 이성체 분리를 실현합니다. (3) 당 사슬을 과메틸화(permethylation) 처리하여 MS/MS 파편의 선명도와 신호 강도를 높이고 구조 해석 능력을 향상시킵니다. 3. 기질 보조 레이저 탈착/이온화 비행 시간 질량 분석(MALDI‑TOF‑MS) (1) 올리고당 집단 특성(m/z 분포)을 빠르고 직관적으로 분석하는 데 사용되며, 특히 신타이올리당과 중성 올리고당에 대해 좋은 범위를 제공합니다. (2) 고효율 액체 크로마토그래피 또는 전단 분획과 결합하여 성분 선명도를 높이고 새로운 구조를 식별합니다. 4. 핵자기 공명 스펙트럼(NMR)——^1H/^13C 및 2D 실험 순도가 충분히 높은 경우(≥10 mg)에서.......
장내 미생물군 특유의 대사물질은 주로 장내 미생물이 합성하고 숙주가 직접 합성할 수 없거나, 숙주 대사 경로에서 미생물의 참여에 현저히 의존하는 대사 산물을 의미합니다. 다음과 같은 몇 가지 주요 유형으로 요약할 수 있으며, 대표적인 것은 다음과 같습니다: 1. 단쇄 지방산(Short-Chain Fatty Acids, SCFAs) 주로 포함되는 것: 1) 아세트산(Acetate) 2) 프로피온산(Propionate) 3) 부티르산(Butyrate) 출처: 미생물이 식이섬유(예: 저항성 전분, 과일 올리고당 등)를 발효하여 생성합니다. 기능: 에너지 대사 조절, 장 장벽 유지, 면역 조절, 신경계(장-뇌 축) 영향 2. 방향족 아미노산 대사 산물 1) 인돌류(Indole derivatives): 예: 인돌-3-아세트산(IAA), 인돌 프로피온산(IPA), 인돌 유산(ILA) 2) 페닐피루브산(Phenylpyruvic acid), 파라하이드록시 페닐 아세트산(p-Hydroxyphenylacetic acid) 등. 출처: 트립토판, 타이로신, 페닐알라닌 등 방향족 아미노산이 미생물 대사를 통해 생성됩니다. 기능: 신경 신호 조절, 면역 조절, AhR 등 핵 수용체 활성화 3. 담즙산 대사물(Secondary Bile Acids) 1) 탈옥시콜산(Deoxycholic acid, DCA) 2) 리소콜산(Lithocholic acid, LCA) 3) 우소산.......
• 기체 크로마토그래피에서 샘플의 유지 시간과 피크 면적만으로 어떤 데이터를 구할 수 있나요? 서로 다른 농도의 피크 면적이 없으므로 표준 곡선을 구축할 수 없습니다.
샘플의 유지 시간과 피크 면적만 있고 표준품 농도 기울기 데이터가 부족한 조건에서는 절대 정량 분석을 수행할 수 없으며, 각 성분의 질량이나 농도를 정확하게 계산할 수 없습니다. 그러나 실험 설계가 합리적이고 피크 인식이 명확한 전제 하에, 이러한 데이터에서 다음과 같은 몇 가지 유의미한 분석 결과를 얻을 수 있습니다: 1. 성분 식별(정성) 1. 유지 시간(Retention Time, RT)은 기체 크로마토그래피에서 가장 일반적으로 사용되는 정성 지표입니다. 2. 만약 크로마토그래피 컬럼 모델, 운반가스 유속, 온도 조절 프로그램 등 조건이 일정하다면, 표준품 또는 역사적 데이터의 유지 시간을 기준으로 미지의 샘플에서 목표 성분을 초기 판단할 수 있습니다. 3. 샘플 성분의 식별, 변화 추세 추적, 불순물 분석 등에 사용될 수 있습니다. 2. 상대 함량 분석(반정량) 1. 피크 면적은 샘플 내 각 성분의 상대 풍부함의 지표로 간주될 수 있으며, 계산 방식은 다음과 같습니다: 그림 1 2. (1) 다수의 샘플 성분 구성의 상대 비교; (2) 동일한 샘플이 다른 처리 조건(예: 온도, 시간, 저장)에서의 변화 추세 분석; (3) 천연 제품(예: 휘발성 오일, 향료)의 구성 스펙트럼 구축; (4) 불순물 추적 또는 주요 성분 모니터링에 사용될 수 있습니다. 3. 유지 행동 분석(공정 또는 메커니즘 연구에 사용) 서로 다른 샘플의 유지 시간 변화를 비교할 수 있으며, 분석에 사용될 수 있는 항목은 다음과 같습니다: 1. 동위 이성체 또는 유도체가 존재하는지 여부; 2. 크로마토그래피 조건(예: 컬럼 효율, 활성 점)이 변화했는지 여부; 3. 특정 메커니즘 연구에서(예: 반응 동역학, 대사 경로......
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